Theo quy định của Nghị định số 93/2019/NĐ-CP ngày 25/11/2019 thì hàng năm Quỹ Hiểu về trái tim phải nộp báo cáo tài chính cho đơn vị cấp phép thành lập (báo cáo cho Bộ Nội Vụ) và cơ quan quản lý nhà nước về tài chính cùng cấp với cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép thành lập Quỹ (báo cáo cho Bộ Tài Chính).
Các khoản thu chi của Quỹ thông qua ngân hàng và có công ty kiểm toán quốc tế KPMG kiểm toán.
